Hola, hace unos 2 cursos en el insti donde yo hice asir trabajamos con debian 7. Y bueno en mi opinión y por lo que he oído/leído, las mas comunes suelen ser debian o ubuntu. Pero todo depende del centro donde se esta, y de cada profesor, pero vamos que tambien os digo que a la hora de configurar servicios y demás, todas las distros suelen ser muy parecidas. La causa es que muchas distros son distribuciones de alguna otra, por ejemplo ubuntu es una bifurcacion de debian, kali linux también es bifurcación de debian. Guadalinex la distribución de la junta de andalucía es tb basada en debian, por tanto, estas distribuciones las configuraciones, instalaciones de paquetes, manejo, suelen ser muy similares.
Por ejemplo para instalar paquetes esta el gestor apt-get y en todas los paquetes se suelen instalar con este gestor
Después por otro lado estan las distros basadas en red hat, como fedora, centosh, mandriva, ... estas suelen ser un poco diferentes a las anteriores ya que por ejemplo para instalar paquetes se usa el gestor yum en lugar de apt.
Pero bueno en definitiva todas las distros suelen ser similares, es como dos lenguajes de programación orientado a objetos(c# y java). la metodología y la forma de hacer las cosas son muy similares, lo que cambian son ciertas instrucciones o sintaxis. pues en las distros linux ocurre algo similar.
Como recomendación os diría que tirarais por debian o ubuntu, hay muchísima documentación en español, y suelen ser las distros mas comunes, también suelen ser estables y de fácil instalación. También os recomiendo que os enteréis por alguien que hiciera las pruebas donde esteis pensando en hacerlas, y preguntéis si imponen una distro concreta o son flexibles en cuanto al tipo de preguntas que os pondrán y todo eso. Y nada, eso elegid la que mas os guste, ya que todas funcionan de una manera similar. Un saludo y para cualquier duda, comentad.