Hombre, ED son 80 horas, por lo que no debería habern ningún problema en que te dejasen matricularte. En todo caso lo que podrían hacer es matricularte de todo salvo de las FCT y el proyecto.
Es muy raro que por una asignatura de primero te hayan sacado de 2 de segundo. Y si no te meten en esas dos directamente tampoco podrás hacer las FCT y el proyecto hasta que lo tengas todo aprobado.
Ve al instituto e insiste, dales por culo hasta que te den una solución. Con esta administración chapucera es la única solución. A mí me ha funcionado siempre. Incluso he llegado a los inspectores de educación.