normalmente trabajaras con máquinas virtuales: virtualbox, virtualpc, vmware etc.
los s.o que toques dependerá mucho de lo que decida el profesor, aunque normalmente veras linux/windows para ser más concreto nosotros hemos visto windowsxp, windows7, windows 2008 server, ubuntu12.4,ubuntu server, linuxmint, lubuntu.
te recomiendo que te descargues virtualbox y mires algún tutorial de como instalarlo así además vas practicando un poquito.
salu2