Hola,
Yo hice el antiguo ASI, y como comentáis imagino que depende del profe. En mi caso, en sistemas tenía un profesor "enamorado" de Linux, así que lo que es Linux, Bash Scripts, etc... dimos bastante, y casi todo lo que se de Linux lo aprendí ahí, tengo que reconocerlo.
En Windows dimos Server 2003 y XP (Lo hice hace ya unos añitos y no había salido ni el Vista xD), pero no lo dimos al mismo nivel que Linux, una pena porque luego en las Pymes españolas lo que más te encuentras son redes Windows, en éste caso gran parte de lo que se lo he aprendido por propia experiencia trabajando, y ahora estoy haciendo un curso privado de Server 2012 para reciclarme un poco, y estoy aprendiendo cosas que en mi vida me habían explicado.
En mi opinión, creo que deberían estandarizarse un poco los estudios, y ser más acordes con lo que nos vamos a encontrar luego en el mundo laboral.
Saludos