Parece que buscas un CMS más que una intranet por lo que veo aquí. Primero necesitas tener apache con php y un gestor de bases de datos (phpmyadmin).
A partir de ahí busca un gestor de contenidos que se adapte a tus necesidades, quizás Moodle vaya acorde a lo que necesitas aunque está orientado a un portal educativo se pueden subir documentos y controlar el acceso por usuarios.
Solo necesitarías crear asignaturas como despachos y subir los ficheros que quieras en cada uno de ellos, después asignar los permisos necesarios para que no acceda todo el mundo.
Salu2.