Da igual la versión de Visual Studio que utilices, habrá que instalar el .NET Framework en todos los equipos donde tu aplicación vaya a ejecutarse.
Hay que pensar que no se tarda nada en instalarlo y que todas las versiones de Windows vienen con un framework .NET instalado por defecto, el caso es que muchas aplicaciones necesitan una versión más reciente y por tanto hay que actualizar el framework.
De todas formas, puedes "juntar" el instalador de .NET Framework junto a tu aplicación por medio de un instalador como InstallShield (supongo que a todos les suena esto). De este modo, antes de "instalar" la aplicación, también se instalará el framework.
A parte de la solución del InstallShield, hay más packers que juntan el código con el framework, incluso algunos linkers y compiladores que traducen y compilan el código a otro lenguaje (como C/C++).
Uno de ellos es Salamander .NET Linker o Thinstall.
