Yo tengo un gparted en live-cd con el cual realizo todo sin ningún tipo de problema.
Hice algo parecido a lo tuyo, yo tenia mi disco duro de la siguiente forma:
50 gigas para el sistema operativo y 250 para datos.
¿Qué me pasó?, pues que la partición del sistema operativo se estaba quedando sin espacio, con lo cual, teniendo espacio de sobra en la partición para datos (ya que tengo un disco duro externo donde voy guardando cosas), pues inicié el portátil con el live-cd de gparted y le quite 50 gigas de la partición de datos para ponérselas a la del sistema operativo y que así se quedase con 100.
Parece ser que gparted trabaja bastante bien, y el proceso tardo mucho, no se si 5, 6 o 7 horas, o por el estilo ya que hace lo siguiente: desfragmenta la partición de datos (para dejar todos los datos al principio o al final de la partición y poder quitar después los gigas que yo quería) después creaba como una partición sin formato de 50 gigas, y después esa partición la unía con la del sistema operativo.
La cosa es que al final me quedó perfecto, aunque cuando inicié Windows 7, tuve que meter el CD del sistema operativo para que hiciese algunas reparaciones, en el sector de arranque y tal, se ve que se corrompió algo... pero no hubo mayor problema.
Así que respondiendo a tu pregunta, si que se puede unir dos particiones, y solo perderías las cosas de una de ellas, no se si hay alguna forma de no perder cosas de ninguna de las dos, me suena a que sí, pero no estoy seguro.
Un saludo.
