Buenas
Yo lo único que sé al respecto es que la convalidación de FCT, al menos en Madrid, es por contrato a tiempo completo durante al menos un año, por lo que jornada parcial no te lo convalidarían, pero como dices tú, al ser dos años lo que estarías, pues deberían, pero ya te digo que no te puedo decir seguro eso, es mejor que lo mires en tu comunidad autónoma, y lo preguntes en el centro, aunque ellos te dirán que depende del ministerio o consejería de educación, pero supongo que en tu instituto te pondrán informar del tema.
Respecto al tema de si podrías hacer la FCT en tu empresa actual, sí, siempre y cuando tu empresa firme el convenio con tu instituto no habrá problema alguno.
saludos