Sí, te refieres a las "Friendly URL", es decir, URL amigables, para una mejor indexación en buscadores. Se realiza mediante el archivo .htaccess y se transformar las direcciones normalmente con funciones en lenguajes del lado del servidor.
Por ejemplo hay funciones en PHP que se las pasan a cadenas de caracteres para quitar los acentos ( para no incluirlos en la URL ) y sustituyen los espacios por separadores ( - o _ ).
Obviamente no hay tantos directorios, lo que haces es reescribir las direcciones, te ejemplifico con mi proyecto de grado medio. Partimos de esta base: http://proyectoesi.byethost4.com/cats.php
Le pasamos un valor por url: http://proyectoesi.byethost4.com/cats.php?idcategoria=5
Con ayuda de .htaccess conseguiremos que funcione de esta forma:
http://proyectoesi.byethost4.com/categoria/5/accion/
Siendo un solo archivo consigues cientos o miles de direcciones.
Busca más información por la red, hay mucha.
Salu2.